O Esporte Clube Pelotas é um dos principais formadores de atletas profissionais no Rio Grande do Sul. Atualmente, o clube disputa competições nas categorias sub-11, sub-13, sub-15 e sub-17. Para o ano de 2012, o Departamento de Futebol tem como objetivo disputar competições também na categoria sub-20. Em 2004, conquistou a Taça James Vidal, considerada o Estadual daquele ano. Na ocasião, o Lobão derrotou o Juventude na final da competição.
Ao longo de sua história, muitos jogadores ganharam o mundo após terem iniciado sua carreira na Boca do Lobo. Um exemplo recente é o lateral-esquerdo Michel Bastos. O jogador formou-se nas categorias de base do Lobão, logo foi integrado ao elenco profissional e dali foi vendido diretamente ao Feyenoord, da Holanda, na maior transação internacional já realizada no interior gaúicho. E Michel voltou a vestir a camisa amarela em 2010, mas desta vez era a da Seleção Brasileira, quando foi titular absoluto da equipe comandada por Dunga na Copa do Mundo da África do Sul.
A atual comissão técnica do Departamento Amador é formada por:
Coordenador: Josué Martins
Técnico: Felipe Muller
Preparador Físico: Roberto Recart
Treinador de Goleiros: Anderson Rodrigues
Roupeiro: Gabriel Torres




